کمیته تحقیقات دانشجویی دانشگاه علوم پزشکي شهيد صدوقي يزد به عنوان تنها ارگان رسمي دانشجويي در زمينه تحقيق و پژوهش شناخته مي شود. اين کميته از ۱۴ زیر واحد و ۱ واحد مرکزی تشكيل شده است كه دانشكده ها شامل دانشكده دندانپزشكي، دانشكده پزشكي، دانشكده پرستاري مامايي، دانشگاه بين الملل، دانشكده داروسازي، دانشكده بهداشت، دانشكده پيراپزشكي، دانشكده پيراپزشكي ابركوه، دانشكده پرستاري ميبد، دانشکده فناوری های نوین، بیمارستان صدوقی، بيمارستان افشار، بیمارستان رهنمون و تحصيلات تكميلي دانشكده پزشكي هستند. هر دانشکده از یک دبیر و ۶ معاون شامل معاون آموزشی، معاون پژوهشی، معاون فناوري، معاون روابط عمومي، معاون پشتيباني-مالي و معاون ارزشیابی تشکيل شده است که زير نظر واحد كل فعاليت مي كنند. تعداد اعضاي شوراي مركزي كميته تحقيقات دانشجويي ۱۰۵ نفر و تعداد كل اعضا اعم از فعال و غير فعال بالغ بر ۱۷۰۰ نفر مي باشد.